Fue fundada en 1886 por la Compañía de Jesús como Universidad de la Iglesia de Deusto. Su creación tuvo como objetivo dotar al País Vasco de un centro universitario propio en un momento de expansión económica e industrial. Por este motivo se eligió como sede Bilbao, cuyo puerto y áreas comerciales habían experimentado un importante desarrollo desde mediados del siglo XIX. Desde su fundación, la universidad ha contribuido al desarrollo industrial de la región del Gran Bilbao así como del País Vas