Pemerintah Jepang telah mendirikan Tokyo Metropolitan Advanced Nurturing School, yang didedikasikan untuk mendidik dan membina generasi manusia yang akan mendukung negara di masa depan. Para siswa diberikan kebebasan tingkat tinggi untuk meniru kehidupan nyata secara dekat. Ceritanya mengikuti perspektif Kiyotaka Ayanokōji, seorang anak lelaki pendiam dan sederhana, yang tidak pandai berteman dan lebih suka menjaga jarak, tetapi memiliki kecerdasan yang tak tertandingi.