Ainda bebê, Jonathan se envolveu num acidente de carruagem, resultando na morte de sua mãe, Mary Joestar. O pai de Jonathan, George Joestar I, pensou que o pai bandido de Dio havia salvo sua vida e jurou retribuir essa dívida. Jonathan então viveu uma, de certo modo, triste juventude sem sua mãe. Aos 5 anos, Jonathan foi presenteado com o cão Danny como companheiro. No entanto, o primeiro encontro entre eles terminou mal, pois Danny estava amedrontado e mordeu Jonathan no braço.