Naruto, según lo establecido por muchos, tiene un gran parecido con su madre, heredando sus ojos azules y su cabello rubio de punta, de igual forma, de su padre heredó la forma de sus ojos y su cara. Las características físicas más importantes y resaltantes de Naruto son las tres marcas de bigotes en ambas mejillas. Además, el rasgo más mencionado con regularidad antes de la Segunda Parte era su baja estatura.