Nagato es una mujer alta y de piel blanquecina. Su cabello, liso y rojo, era característico del Clan Uzumaki. El rasgo que más destacaba en Nagato era su Rinnegan. En su juventud empezó a llevar el protector de Amegakure en su frente y vestía con la capa inicial de Akatsuki, la cual era de color oscuro por fuera y lila por dentro.