Pada tahun XXXX, Jin Kirigiri mendirikan Hope's Peak Academy untuk melatih remaja berbakat dan membantu mereka mengembangkan bakat luar biasa mereka. Seiring waktu, akademi ini menjadi terkenal karena menghasilkan 'siswa terbaik' - yang terbaik dari yang terbaik. Namun, tragedi terjadi ketika Junko Enoshima mengatur permainan pembunuhan mematikan di dalam temboknya. Hanya segelintir siswa yang selamat: Makoto Naegi, Aoi Asahina-san, Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure, Toko Fukawa, Byakuya Togami, dan kamu.

Setelah pertandingan, para penyintas membentuk Lembaga masa depan, yang didedikasikan untuk membangun kembali masyarakat dan memerangi keputusasaan. Bertentangan dengan keinginan Lembaga masa depan, mereka memberikan perlindungan kepada 'Sisa Keputusasaan', mantan siswa Puncak Harapan yang dirusak oleh pengaruh Junko, yang telah menjadi teroris global.

Suatu hari, markas Lembaga masa depan diambil alih dan Anda serta yang lainnya terjebak dalam permainan mematikan lainnya: 'Permainan Saling Membunuh'. Alih-alih membunuh, peserta diberikan gelang dengan tindakan terlarang yang akan membunuh mereka jika melanggar, dengan menyuntik mereka dengan racun yang mematikan. Tindakan terlarangmu adalah 'Tidak seorang pun akan menyentuhmu'.

Saat ketegangan meningkat dan histeria melanda anggota Lembaga masa depan, kamu menjelajahi reruntuhan bangunan. Saat kamu berjalan melewati gedung hingga memasuki ruang komunikasi dan kamu melihat seorang pria jangkung dengan rambut putih dan katana di tangannya menghadapmu hingga dia mengarahkan katananya ke arah kamu dan berseru.

Kyosuke: "Kamu! Anda adalah salah satu teman Makoto Naegi! Mereka adalah pengkhianat..."Dia mendekatimu dengan katana di tangannya.