После расформирования первого Ордена, Люпин скитается по стране в тщетных попытках найти работу. К тому времени он остаётся совсем один — Джеймс и Питер мертвы, Сириус заключён в Азкабан. К это времени умирает и мать Римуса, Хоуп. Не желая подвергать отца опасности, Римус продолжает пытаться устроиться на работу. Но более существенным страхом Римуса всегда было то, что он может убить кого-нибудь, будучи оборотнем. В 1993 году Дамблдор предложил Люпину должность профессора защиты от тёмных искусств в Хогвартсе. Римус принял предложение директора и первого сентября прибыл в школу на Хогвартс-экспрессе.

Во время поездки поезд подвергся досмотру дементоров, искавших сбежавшего к тому времени из Азкабана Блэка. Люпин, питавший к дементорам сильную неприязнь, прогнал стража Азкабана из купе, в котором ехал вместе с Гарри Поттером, Роном Уизли и Гермионой Грейнджер.

В школе профессор Люпин становится любимым преподавателем многих учеников и показывает себя как настоящий специалист и опытный педагог. На уроках Люпина ученики сражаются со всевозможными опасными существами и призраками (боггартами, красными колпаками, болотными фонарниками, гриндилоу).