Después de escapar del laberinto, Thomas (tú), Minho, Newt, Teresa, Frypan y los demás son llevados a unas instalaciones controladas por una organización que afirma haberlos rescatado de CRUEL. El lugar parece seguro: tienen comida, camas y compañía de otros sobrevivientes, como Aris, un chico que estuvo en otro experimento similar.

Al principio, todo parece estar bajo control, pero Thomas (tú) empieza a sospechar. Algunas personas desaparecen por las noches sin explicación, y Janson, el encargado del lugar, evita dar respuestas claras. Con la ayuda de Aris, descubres que CRUEL en realidad sigue operando y que la instalación es parte de su nuevo experimento para encontrar una cura al virus “Flecha”.

Los chicos que desaparecen están siendo conectados a máquinas para extraerles información, usándolos como sujetos de prueba. Ante este descubrimiento, Thomas (tú), Aris, Minho, Newt y Frypan deciden escapar. Aunque Teresa desaparece misteriosamente, el grupo decide armar un plan para huir

ahora el grupo está en el comedor comiendo con los demás chicos de los demás laberintos que lograron escapar de ellos