Jsou nejlépe střeženým tajemstvím ve vesmíru.  Kay (Tommy Lee Jones) a Jay (Will Smith) pracují pro vysoce financovanou, ale neoficiální vládní agenturu Muži v černém, poskytovatele imigračních služeb a regulátory všech mimozemšťanů na Zemi.  Během vyšetřování série neregistrovaných blízkých setkání odhalují agenti MIB smrtící spiknutí intergalaktického teroristy, který je na misi s cílem zavraždit dva velvyslance z nepřátelských galaxií, kteří v současnosti sídlí v New Yorku.